terça-feira, 13 de novembro de 2012

Técnica de PCR para detecção de fungos


1 Materiais utilizados


b)     Ponteiras;
c)     Água Milli-q;
d)     Tampão buffer 10x;
e)     dNTP;
f)       Primers;
g)     Taq DNA Polimerase.

1.2 Equipamentos e utensílios


a)     Termociclador PCR;

2     METODOLOGIA

2.1  Inicialmente é feito o MIX para 10 reação dos primers TW81 e AB28, que contém:

Reação para os primers TW81 e AB28

10 reações

dH20
170µl
Tampão (buffer 10x)
25 µl
dNTP (1mM)
7,5 µl
Primer 1 (10mM)
10 µl
Primer 2 (10mM)
10 µl
Taq DNA Polimerase
2,5 µl
Mix/Poço
22,5 µl

2.2   Foram aliquotados:
22,5 µl de mix
05 µl de DNA



2.3    São 31 ciclos de amplificações do PCR , no programa: ITS-F- -  em que consistiu:

Etapa

Temperatura

Tempo

1

94°C

5 min

2

94°C

1 min

3

55°C

1 min 30 s

4

72°C

2 min

5

29 x

6

72°C

5 min

7

10°C

 

8

End

Extração de DNA fúngico


1 Materiais utilizados


a)     Solução tampão;
b)     Fenol;
c)     Etanol
d)     Salina;

1.2 Equipamentos e utensílios


b)     Papel de filtro;
c)     Papel alumínio;
d)     Eppendorf;
e)     Vórtex;
f)       Centrífuga.

2. Extração de DNA

  2.1     Filtrar o fungo do meio YG líquido

- Filtrar o meio de cultura YG com fungos anteriormente preparados, que estejam sem contaminação e com bom crescimento.

- A filtragem é feita com bomba de vácuo com uso de papel de filtro.

  2.2     Armazenamento

- Após a filtragem, os fungos que permanecem no papel filtro  devem ser armazenados em envelopes de papel alumínio identificados.

- Colocamos os envelopes de alumínio em uma placa de petri, embalamos a placa com papel filme e levamos ao freezer por uma semana, para garantir o congelamento total do até a extração do DNA.

- Retiramos a placa de petri do freezer e deixamos em temperatura ambiente por alguns minutos para facilitar o corte.

  2.3     Extração do DNA

- Abrimos o envelope de papel laminado e com uma lâmina de bisturi, nova, estéril cortamos uma amostra da massa de fungo e colocamos em um eppendorf de 1.5ml até mais ou menos a marca 0.5ml.

- Ao eppendorf deve ser adicionado 500 µL de tampão e 500 µL de fenol;

- O fungo deve ser lacerado e depois levado ao vórtex e logo depois à centrífuga a 10.00 rpm por 10 minutos;

- O sobrenadante deve ser retirado e colocado e um outro eppendorf;

- Acrescentar mais 500 µL de fenol e levar a centrífuga novamente por mais 10 minutos;

- Retirar o sobrenadante e passar para outro eppendorf;

- Acrescentar 40 µL de etanol e completar até 1 mL com salina;

- Guardar os tubos eppendorf sob refrigeração.

- No momento de usar o DNA já extraído para uma nova etapa:

- Colocar os tubos eppendorf na centrífuga a 10.000 rpm por 10 minutos;

- Lavar 2 x com álcool 70% sem retirar o sobrenadante;

- Retirar todo o álcool e deixar secar a temperatura ambiente;

- Depois de seco, resuspender com água destilada (100 µL);

- Retirar 20 µL do sobrenadante e passar para outro eppendorf;

- Acrescentar 10 µL de tampão com corante. 

Preparo de meio de cultura YG líquido com amido e crescimento de fungo em meio líquido


1.  Materiais utilizados


a)    água destilada;

b)    extrato de levadura;

c)    amido;

d)    glicose;

e)    filme de plástico;

f)     fita crepe para autoclave;

g)    papel alumínio;

h)    papel pardo;

i)     penicilina G (benzil penicilina);

j)     rolhas de algodão para erlenmeyers;

1.2 Equipamentos e utensílios


a)    capela de fluxo lâminar;

b)    mesa agitadora;

c)    autoclave;

d)    agitador magnético com bailarina;

e)    balança analítica e semi-analítica;
f)     alça de inoculação estéril descartável 10µL

g)    béqueres de 100, 500, 1000 e 2.000 mL;

h)    erlenmeyers de 2.000, 1.000, 500, 250, 50 mL;

i)     pipetador automático;

j)     proveta de 500 mL;

k)    bico de bunsen

2  METODOLOGIA

2.1      Preparo de meio de cultura YG líquido com amido


a)    pesar separadamente os reagentes abaixo em papel alumínio :

glicose.....................................................12,5g/500mL

extrato de levedura...................................2,5g/500mL

amido......................................................2,5g/500mL

b)    se for necessário o preparo de quantidade maior ou menor de meio de cultura, os valores devem ser multiplicados ou divididos proporcionalmente;

c)    colocar a glicose e o extrato de levedura  pesados em um béquer de 1.000 mL e acrescentar 250 mL de água destilada;

-          misturar os reagentes com uma espátula;

-          introduzir uma bailarina magnética  no béquer, e homogeneizar no agitador magnético;

d)    Transferir a solução para uma proveta e completar com água destilada até o meninsco atingir a marca de 500 mL;

e)    Separar 10 erlenmeyers de 250 mL e acrescentar 0,25g de amido em cada, totalizando 2,5g.

f)     Em seguida transferir 50ml da solução em cada erlenmeyer de 250 mL com amido;

g)    agitar levemente os erlenmeyers para a homogeneização do meio com amido;

h)    tampar os frascos com rolha de algodão e papel alumínio ou papel pardo e colocar fita para autoclave;

i)     finalizado o preparo de todos os meios, levá-los para a sala de autoclave para serem autoclavados;

-   alternativamente, autoclavar pessoalmente os meios de cultura, a 120°C por 20 min, ao final da esterilização, desligar a autoclave, manter a porta fechada até que a temperatura baixe e então retirar os frascos;

-      prazo de validade é 90 dias;

-      caso o material apresente mudança de cor, descartar;

j)     Armazenar na geladeira.

2.2      Crescimento de fungos em meio líquido


a)    Esse procedimento deve ser realizado em uma capela de fluxo lâminar

b)    preparar a capela:

-      limpar a área de trabalho com álcool 70%;

-      ligar o fluxo e colocar os erlenmeyers contendo meio YG líquido com amido, previamente preparado.

-      acender a lâmpada UV e deixar por 20 min

-      ao final da esterilização apagar a lâmpada UV, acender a luz branca, retirar o papel pardo e as rolhas dos erlenmeyers;

c)    Pegar os fungos, que foram previamente isolados e armazenados, a serem inoculados no meio.

d)    Com o auxílio de uma alça de inoculação estéril descartável cortar de 3 a 4 colônias do fungo juntamente com o meio de cultura e inocular no meio líquido.

e)    Descartar a alça de inoculação e tampar com a rolha de algodão o erlenmeyer.

f)     Repetir os passos 3.2.2 “d” e “e” para as outras espécies de fungos.

g)    Colocar os erlenmeyers inoculados em uma mesa agitadora e observar crescimento após um período de 5 a 7 dias.

Preparo de meio YG sólido e isolamento de fungo.

1.  Materiais utilizados


a)    agar bacteriológico;

b)    água destilada;

c)    extrato de levadura;

d)    glicose;

e)    swab;

f)     filme de plástico;

g)    fita crepe para autoclave;

h)    papel alumínio;

i)     papel pardo;

j)     penicilina G (benzil penicilina);

k)    placas de Petri estéreis (80x15 mm);

l)     rolhas de algodão para erlenmeyers;

1.2 Equipamentos e utensílios


a)    autoclave;

b)    agitador magnético com bailarina;

c)    capela de fluxo laminar;

d)    balança analítica e semi-analítica;

e)    béqueres de 100, 500, 1000 e 2.000 mL;

f)     erlenmeyers de 2.000, 1.000, 500, 250, 50 mL;

g)    pipetador automático;

h)    proveta de 500 mL;

i)     tubo tipo falcon de 50 e 15 mL.

j)     bico de bunsen

k)    alça de platina

2  METODOLOGIA

2.1      Preparo de meio de cultura YG sólido


a)    pesar separadamente os reagentes abaixo em papel alumínio :

glicose.....................................................25g/L

extrato de levedura...................................5g/L

agar bacteriológico..................................20g/L

b)    se for necessário o preparo de quantidade maior ou menor de meio de cultura, os valores devem ser multiplicados ou divididos proporcionalmente;

c)    colocar a glicose e o extrato de levedura pesados em um béquer de 1.000 mL e acrescentar 500 mL de água destilada;

-          misturar os reagentes com uma espátula;

-          introduzir uma bailarina magnética  no béquer, e homogeneizar no agitador magnético;

d)    Transferir a solução para uma proveta e completar com água destilada até o meninsco atingir a marca de 1.000 mL.

e)    pesar duas vezes 10 g de ágar bacteriológico e colocar em dois erlenmeyers de 1.000 mL;

f)     com uma proveta medir 500 mL do meio e colocar em cada um dos erlenmeyer de 1.000 mL;

g)    agitar levemente os erlenmeyers para a homogeneização do meio com o agar;

h)    tampar os frascos com rolha de algodão e papel alumínio ou papel pardo e colocar fita para autoclave;

i)     finalizado o preparo de todos os meios, levá-los para a sala de autoclave para serem autoclavados;

-   alternativamente, autoclavar pessoalmente os meios de cultura, a 120°C por 20 min, ao final da esterilização, desligar a autoclave, manter a porta fechada até que a temperatura baixe e então retirar os frascos;

j)     os meios de cultura sólidos poderão ser vertidos assim que forem retirados da autoclave ou dias depois;

k)    em caso de verter posteriormente os meios, manter no erlenmeyer, e armazenar em temperatura ambiente sobre a bancada de meios de cultura devidamente identificados com o nome do meio, nome de quem preparou e data de preparo;

-      prazo de validade é 90 dias;

-      caso o material apresente mudança de cor, descartar;

-      para o plaqueamento posterior ao armazenamento, aquecer o meio no microondas até que esteja completamente dissolvido, e plaquear quando a temperatura do frasco seja suportável ao toque;

l)     preparar a capela:

-      limpar a área de trabalho com álcool 70%;

-      ligar o fluxo e colocar um pacote com 20 placas de Petri de 90x15 mm (estéreis) para cada erlenmeyer com 500 mL de meio;

-      acender a lâmpada UV e deixar por 20 min

-      ao final da esterilização apagar a lâmpada UV, acender a luz branca, retirar as placas de Petri do saco plástico e empilhar;

m)  colocar na capela um erlenmeyer com o meio de cultura a ser vertido;

-          retirar a rolha e acrescentar 100 µL de penicilina para cada 500 mL de meio.

-          verter o meio até a metade da altura das placas;

-          ao finalizar, espalhar as placas na superfície da capela, deixando as tampas das placas entreabertas;

n)    decorridos os 10 min,;

-          fechar as placas de Petri, lacrando com filme plástico;

-          colocar as placas na estufa 30°C por mínimo 48 h, empilhadas com as tampas voltadas para a superfície da estufa;

o)    ao final das 48 h, verificar em cada placa a presença de qualquer crescimento microbiano;

-          descartar as placas que estejam contaminadas;

-          constatada a ausência de contaminação, guardar na geladeira até a sua utilização;

-          as placas devem ser empilhadas invertidas, identificadas com o nome do meio e do responsável pelo preparo e a data;

-          se apresentar algum tipo de contaminação, descartar apenas as placas contaminadas.


2.2  Isolamento de Fungos    


a)    Coletar o material com swab estéril de qualquer superficie desejada para estudo.

b)    Passar o swab em solução salina a 0.9% e semear no meio de cultura sólido previamente preparado.

c)    Colocar as placas semeadas na estufa a 37°C pelo período de 7 a 10 dias.

d)    Após o período de encubação, observar se houve crescimento efetivo de fungos.

- descartar as placas que tenham contaminantes, como leveduras e bactérias, em grande quantidade.

e)    O processo de repique deve ser realizado em uma capela de fluxo lâminar.

f)     Preparar a capela de fluxo lâminar:

-      limpar a área de trabalho com álcool 70%;

-      ligar o fluxo e colocar as placas de Petri (estéreis) com o meio;

-      acender a lâmpada UV e deixar por 20 min

-      ao final da esterilização apagar a lâmpada UV, acender a luz branca, ligar o bico de bunsen, colocar as placas a serem semeadas e as já cultivadas .

g)    Isolamento de fungos:

- flambar a alça de platina e esperar esfriar

- em seguida coletar a cepa de fungo desejado, de preferência escolher uma colônia que encontra-se mais isolada, e semear em uma nova placa.
- repetir os passos anteriores para cada cepa de fungo encontrada.
     
- encubar as placas semeadas na estufa a uma temperatura de 37ºC pelo período de 7 a 10 dias.

- após o período de encubação caso ainda houver crescimento de duas ou mais espécies de fungos na mesma placa, repetir o procedimento, até que se obtenha o crescimento puro de uma espécie.

h)    Após crescimento armazenar as placas na geladeira.